Colecția de herpetologie a fost inițitată în anii '60 și în prezent cuprinde 27 de specii de amfibieni, reprezentat prin 6.184 piese și 23 specii reptile ilustrate prin 617 exemplare. Piesele herpetologice sunt conservate în majoritate sub formă de preparate umede.
Această colecție este reprezentativă pentru fauna ecosistemelor din Moldova prin numărul de specii de amfibieni și reptile pe care îl conservă.
